¿Por qué los envíos en un mismo buque muestran fechas de llegada diferentes?

Esto es lo esperado. Con el seguimiento por flujo comercial ves exactamente lo que informaron las fuentes de tu reserva, por lo que los envíos en un mismo buque pueden legítimamente tener distintas ETA para la misma escala. El seguimiento por buque las agrupa en una única hora de consenso. Lo que obtienes es una configuración de la cuenta: consulta
inteligencia de horarios de buques.

Ejemplo
Un transitario sigue reservas con el seguimiento por flujo comercial y ve la ETA que cada fuente informó para su reserva, por lo que los envíos en el mismo buque pueden mostrar distintas ETA para la misma escala. Al cambiar al seguimiento por buque, esos informes se agrupan en una hora de consenso; qué vista aparece depende de la configuración de la cuenta.